La Fiscalía General del Estado ha archivado la investigación sobre las 23 muertes en la valla de Melilla al no apreciar indicios de delito en la actuación de los guardias civiles que participaron en el operativo del 24 de junio en Barrio Chino. Además, el ministerio público asegura que los rechazos en frontera se hicieron de acuerdo a la ley. De esta forma contradice al Defensor del Pueblo que aseguró que en la valla de Melilla se llevaron a cabo 470 devoluciones sin garantías. En esencia, la Fiscal de Sala coordinadora de Extranjería, Beatriz Sánchez, firma el decreto de archivo al no ver indicios ni de posibles delitos de homicidio imprudente ni de omisión del deber de socorro; y considera también legales las 470 rechazos en frontera cuestionados por el Defensor del Pueblo. Según informa en un comunicado el Ministerio Público, ha dado traslado al director Adjunto Operativo de la Guardia Civil de la actuación de varios agentes que lanzaron piedras contra las personas migrantes, por si fuera constitutiva de infracción disciplinaria.
El 28 de junio, cuatro días después de la tragedia, la entonces fiscal general del Estado, Dolores Delgado, encargó una investigación sobre el salto a la valla del 24 de junio a la coordinadora de Extranjería del Ministerio público, Beatriz Sánchez. Lo hizo empujada por la "trascendencia y gravedad" de los hechos en los que, según los datos de Marruecos fallecieron 23 migrantes aunque ONGs como Amnistía Internacional y AMDH Nador elevan el número de fallecidos a 37. En aquel momento, la Fiscalía General del Estado creía que podían haberse visto afectados derechos humanos y fundamentales. El 8 de julio la fiscal de Extranjería visitó Melilla y se entrevistó con migrantes que habían participado en el salto a la valla del 24 de junio. También tuvo un encuentro con agentes y mandos de la Guardia Civil que estuvieron de servicio en la frontera el viernes negro de la tragedia. Durante su estancia en la ciudad, Beatriz Sánchez solicitó las imágenes grabadas por el helicóptero del Instituto Armado que sobrevoló la valla el 24 de junio. El 24 de junio, sobre las ocho de la mañana, la Delegación del Gobierno confirmó a El Faro que había presión migratoria en la valla, pero no contestó a la pregunta de por dónde se estaba produciendo el salto. Poco después envió una información diciendo que 400 migrantes intentaban entrar a la fuerza en nuestro país. Luego elevó esa cifra asegurando que se trataba de 1.500 personas, de las 2.000 que bajaron del Gurugú para saltar a Melilla. Tras el salto, por testimonios de inmigrantes sudaneses entrevistados en la televisión marroquí, se supo que la Policía del país vecino les dio un ultimátum de 24 horas para marcharse de los montes cercanos a Melilla. Sin dinero, la única opción que les quedó fue intentar entrar por la fuerza en la ciudad autónoma. La Asociación Española de Guardias Civiles (AEGC) denunció que lo hicieron utilizando una radial, un mazo y hachas para forzar la puerta del paso fronterizo de Barrio Chino. Testimonios de inmigrantes sudaneses aseguran que quienes forzaron la puerta perdieron la vida a manos de las Fuerzas de Seguridad marroquíes. En su informe a la ONU el Gobierno de Marruecos se desvinculó de las devoluciones en caliente, cuya responsabilidad achacó a España, y denunció que muchos migrantes de los que participaron en el salto a la valla habían formado parte de milicias libias. Marruecos también dijo que las 23 muertes se habían producido por asfixia al derribarse la valla de Barrio Chino durante el salto y que hasta septiembre solo habían podido identificar a uno solo de los fallecidos.