Uno de los temas que más ha preocupado a asociaciones de derechos humanos y también a la Administración ha sido la separación de niños de sus familiares en el CETI. Si las familias no podían justificar que los niños eran sus hijos o sus familiares, estos iban a un centro de acogida de menores hasta que se comprobaba ese parentesco.
Pero el viceconsejero del Menor, Abderrahim Mohamed, ha informado de la solución de este tema a través de uno de los acuerdos que se ha logrado en este año de Gobierno. Indica que se ha evitado la separación de los menores de las familias que son acogidas en el CETI delegando a esta institución la guarda de estos niños.