Aviación civil se separa de la militar a finales de los 80 y poco después se constituye AENA. El pasado de la aviación comercial en España se remonta a principios del siglo XX y tiene su origen en la aviación militar. Tras la Guerra Civil, bajo la tutoría militar y dirigida por ésta, se crea la Dirección General de Aviación Civil, que se ubica en la calle de la Magdalena en Madrid. Desde allí se gestiona todo lo concerniente a lo que posteriormente sería la aviación comercial española.
Posteriormente, se traslada a finales de los 40 al Ministerio del Aire, ubicado en la plaza de La Moncloa. Allí se crea la Dirección General de Aeropuertos, así como las de Infraestructura del Trasporte Aéreo, para controlar los aeropuertos militares que existían y darles un uso civil. Estos primeros aeropuertos eran Matacán (Salamanca), Morón (Sevilla), La base de hidroaviones en Los Alcázares (Murcia), San Javier (Murcia), Tablada (Sevilla), Talavera la Real (Badajoz), Cuatro Vientos (Madrid), Tetuán (Marruecos), Torrejón de Ardoz (Madrid), Rabasa (Alicante), Larache (El Sahara Español), Getafe (Madrid), León (León) y Melilla (primero en Melilla, posteriormente en Nador en Tauima y con una base de hidroaviones en el Atalayón de la Mar Chica).
Divido a su 'mayoría de edad', la aviación civil se separa de la aviación militar a principios de los 80, cuando se crea el OAAN (Organismo Autónomo Aeropuertos Nacionales). Traslada su sede a la calle Avenida de América y allí alberga tanto la Dirección de Aviación Civil como la creciente Subdirección General de Aeropuertos, así como la de Navegación Aérea e Infraestructura.
Diez años más tarde, un real decreto establece la 'emancipación' de la Subdirección General de Aeropuertos y se crea AENA (Aeropuertos Españoles y Navegación Aérea) en la calle Arturo Soria. Desde allí se dirigirá la explotación comercial de los aeropuertos, su mantenimiento y la gestión del personal que los componen.
En ese momento, el modelo de funcionamiento de las instalaciones militares heredadas, de utilización civil y militar, se hace homogéneo, adoptando una política común de crecimiento y de compensaciones territoriales, desarrollo de aeródromos y creación de nuevos, compensando los costos de unos con los superavits de otros.
AENA paga durante años el canon de cesión de los aeropuertos, los impuestos de su actividad económica, los pagos de las expropiaciones de terrenos necesarios para el crecimiento de algún área, la insonorización de viviendas o la compra de las mismas, (como ocurrió en la ampliación de Barajas). Se consiguió así que todas las comunidades tuvieran al menos un aeropuerto o helipuerto (como en el caso de Ceuta) y por supuesto en todas las islas de Baleares y Canarias. Además, al mismo tiempo, aportando dinero al Estado vía beneficios e impuestos a los ayuntamientos.
AENA a su vez es generadora de beneficios a través de su filial AENA internacional, que generando prestigio e ingresos al Estado al dirigir 27 aeropuertos en el extranjero. Además, exporta tecnología de control de navegación aérea y gestión de aeropuertos. Asimismo, interviene en el desarrollo del proyecto tecnológico Galileo, para lograr en Europa la navegación por satélite.