Melilla tiene más de 50 hectáreas clasificadas como Zonas de Especial Protección para las Aves

La ciudad tiene 598 hectáreas de terrenos clasificados como Lugar de Importancia Comunitaria. Melilla es la región española con menos territorio protegido por Natura 2000, según el anuario del Ministerio de Agricultura.
La ciudad tiene 598,52 hectáreas (7,41%) incluidas en esta red ecológica de áreas de conservación de la biodiversidad en la Unión Europea (UE), frente a Canarias que protege el 49% de su territorio o Ceuta, con el 31,83% y 1.466 hectáreas.
Según el Anuario de Agricultura, Melilla tiene 598,5 hectáreas de terreno clasificadas como LIC (Lugar de Importancia Comunitaria) y 52,9 hectáreas declaradas Zona de Especial Atención a las Aves (ZEPA).
En Melilla forman parte de la Red Natura 2000 los LIC del Barranco del Nano y la Marítima Terrestre de Aguadú.
El Barranco del Nano pertenece a la región biogeográfica mediterránea. Es una zona agreste, por tratarse de la caída de las alturas de la meseta de Rostrogordo, que llega a ser de 123 metros hasta el valle del Río e Oro, a sólo 30 metros. Este paraje ha escapado a la acción del hombre debido a que son terrenos de uso militar y está restringida la circulación de personas y vehículos.
Por su parte, los acantilados de Aguadú están en el extremo norte del territorio de Melilla, ocupando la línea de costa acantilada que se prolonga hasta la punta del Cabo Tres Forcas de Marruecos.
Se trata de un acantilado de unos 100 metros de altura protegido por una plataforma de abrasión que forma la Punta de Rostrogordo y que al tiempo provoca la existencia de fondos rocosos, de enorme  valor ecológico.
Por otra parte, Canarias es la comunidad que tiene un mayor porcentaje de su superficie cubierto por la red ecológica Natura 2000, seguida de Madrid (39,89%) y la Comunidad Valenciana (37,47).
Según el último anuario del Ministerio de Agricultura, en diciembre de 2011, de los 14,6 millones de hectáreas españolas que engloba la red Natura 2,6 millones son andaluzas, 2,4 millones de Castilla y León y 1,8 millones de Castilla-La Mancha.
Natura 2000 es el principal instrumento para la conservación de la naturaleza en la Unión Europea y protege las especies y los hábitats más amenazados, evitando la pérdida de biodiversidad ocasionada por el impacto del hombre.
Frente a Andalucía y las dos Castillas, las ciudades de Melilla (598,52), Ceuta (1.466,73 hectáreas) y el País Vasco (146.468,64) son las que menos territorio tienen, en términos absolutos, protegido por la red Natura 2000.
El anuario del Ministerio de Agricultura señala que 12,6 millones de hectáreas son considerados Lugares de Importancia Comunitaria (LIC) en España y 10,3 millones son Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA).