Con la Agrupación Musical Ntro. Padre Jesús de la Flagelación comienza el inicio de las bandas de música en la Semana Santa de Melilla. Precursora de muchas otras, la banda de cornetas y tambores de la Hermandad de la Flagelación, se crea en el año 2004 de la mano de D. José Antonio Hurtado, D. Jesús Núñez, D. Juan Luis Regurero y D. José Pedro Pomares con el objetivo de dar acompañamiento musical a sus Sagrados Titulares. Ilusionados por la aprobación de la hermandad y la emoción de los componentes, reunieron el material suficiente incorporándose a los desfiles procesionales de la cofradía, en el año 2005, convirtiéndose así en su primera salida. Actualmente la banda se encuentra en su segunda etapa. Años atrás se disolvió por problemas con la junta directiva de aquel entonces pero es en el año 2018 cuando vuelven de nuevo.
Hasta los inicios de esta banda, en Melilla el acompañamiento musical eran principalmente adaptaciones de marchas militares hasta que surgió esta agrupación que abrió camino a otras. En palabras de su director José Hurtado la banda ha sido precursora de mucho dentro de la Semana Santa melillense y expresa que han abierto un campo que antes no existía. Se sienten orgullosos de haber mejorado mucho la Semana Santa respecto a la música junto con el resto de agrupaciones.
Al principio empezaron a incorporar composiciones específicas de agrupaciones de la península. Todo empezó con su primera marcha, facilitada por Roberto Vargas, Hermano Mayor actual de la cofradía, Sangre y Costal que a día de hoy siguen tocando en el repertorio.
Tienen referentes en la música de Semana Santa de Sevilla y Málaga. Se inspiran en la Agrupación de los Gitanos en Sevilla, el Rosario de Cádiz, Pasión de Linares y en San Lorenzo Mártir de Málaga.
El melillense D. Salvador Bellido Mauri, o el malagueño D. Salvador Quero Morales, han contribuido a enriquecer el patrimonio musical de la cofradía, creando o adaptando composiciones musicales propias, para la interpretación de la Agrupación Musical.
En 2002 con motivo de los actos del LX aniversario de la cofradía se estrenaron Virgen del Mayor Dolor, compuesta por Salvador Rubio Salom y Nuestro Padre Jesús de la Flagelación también compuesta por el mismo autor.
Durante la procesión hacen lo que se llama una cruceta, que es el repertorio musical dentro de una procesión. Deciden qué van a tocar depende de dos factores: el primero es la gente que estimen que se van a encontrar, y el segundo el ánimo y la frescura de los músicos y de los hombres de trono o portadores. Así eligen meter una marcha más compleja o una más simple.
En la actualidad la agrupación está formada por 37 músicos aunque hubo una época en la que llegaron a ser 55 personas. Luego llegó la COVID, que quitó las ganas a algunos de seguir. Lo bueno dice José Hurtado es que han podido volver a tocar después de unos años difíciles, con la esperanza de crecer. Esperan que las tres agrupaciones de la ciudad, la banda del Cautivo y la del Nazareno y la suya propia puedan crecer y dar lo mejor de ellas.
